История Нижегородского филиала ФГБНУ "ВНИРО"; берет начало в 1975 г. – с момента создания по инициативе областных органов власти в г. Нижнем Новгороде (тогда - г. Горьком) Горьковской лаборатории «ГосНИОРХ» - для проведения рыбохозяйственных исследований в целях развития рыбного хозяйства региона.
За период существования неоднократно менялось название учреждения, существенно расширилась зона ответственности. В 2019 году Нижегородское отделение ФГБНУ «ГосНИОРХ», в числе других подразделений отраслевых институтов, было присоединено к ФГБНУ «Всероссийский научно-исследовательский институт рыбного хозяйства и океанографии», на базе которого был создан единый научно- исследовательский центр, и было переименовано в Нижегородский филиал ФГБНУ «ВНИРО».
У истоков Нижегородского филиала стоял кандидат биологических наук Геннадий Андреевич Ненашев, возглавлявший учреждение с 1975 по 2003 г. Им была заложена материально-техническая база, определены основные направления научной деятельности учреждения, налажены конструктивные связи с административно-хозяйственными органами, научными, рыбопромысловыми и рыбоводными хозяйствами региона, а также подобран штат сотрудников, составивших в дальнейшем костяк вновь созданной лаборатории. Под руководством Г.А. Ненашева в 1970-80-х годах проведены работы по интенсификации прудового рыбоводства, селекции, генетики рыб, в первую очередь – при использовании в целях рыбоводства теплых вод ТЭЦ. Практическим воплощением результатов научных разработок стало строительство трех тепловодных рыбных хозяйств, рассчитанных на выращивание трех тысяч тонн товарной продукции.
В Нижегородской лаборатории трудились известные в рыбохозяйственной науке специалисты: В.И. Бандура (впоследствии руководитель Волгоградского отделения ГосНИОРХ); С.В. Шибаев – ныне доктор биологических наук, профессор Калининградского технического университета, один из крупнейших российских специалистов по рыбному промыслу. Свою научную деятельность начинал в Нижегородской лаборатории доктор биологических наук В.Б. Вербицкий, впоследствии много лет успешно трудившийся в Институте биологии внутренних вод им. И.Д. Папанина (РАН). Большой вклад в деятельность лаборатории внес кандидат биологических наук Н.Ф.Лысенко с 1977 г. по 1994 г. работавший в должности старшего научного сотрудника Горьковской лаборатории ГосНИОРХ, бессменно руководя работами по прогнозной тематике. Им внесен большой вклад в организацию ихтиологических исследований на Горьковском водохранилище, поставлены работы по изучению формирования вновь создаваемого Чебоксарского водохранилища. Не одно десятилетие посвятил рыбохозяйственным исследованиям в стенах учреждения ихтиолог А.А. Клевакин, внося существенный вклад в развитие и совершенствование отрасли. Практически с момента основания лаборатории в коллективе успешно трудится гидрохимик Т.В.Кривдина, на протяжении многих лет работают к.б.н. А.Е.Минин, к.б.н. Д.И.Постнов, к.п.н. В.В.Вандышева.
В настоящее время в зона ответственности Нижегородского филиала ФГБНУ «ВНИРО» входят водные объекты Костромской, Нижегородской, Ярославской, и Ивановской областей, Республик Чувашия, Марий Эл, Мордовия.
Основные водные объекты исследований: водохранилища Горьковское и Чебоксарское и их крупные притоки (Ока, Сура, Ветлуга, Унжа), озера Галичское, Чухломское Костромской области.
Основные современные направления научной деятельности: В рамках реализации «Стратегии и плана действий по сохранению биоразнообразия Нижегородской области» составлен «Рыбохозяйственный кадастр водоемов Нижегородской области».
В течение нескольких лет проводился мониторинг инвазий чужеродных видов в экосистемы Волжско-Каспийского инвазионного пути. Определены виды рыб-вселенцев, изучены некоторые черты их биологии в условиях Чебоксарского водохранилища, за время существования которого отмечено 20 новых для данного водоема видов рыб.
Составлен «Аннотированный каталог рыб водоемов Нижегородской области» (Н. Новгород, 2003. - 36 с.), авторы-составители: Клевакин А.А., Минин А.Е., Блинов Ю.В. Выпущено научно-методическое пособие: «Рыболовство в Нижегородской области» (Н.Новгород, 2004. - 81 с.), авторы-составители: Клевакин А.А., Блинов Ю.В., Минин А.Е., Пестова Ф.С., Постнов Д.И.
В 2010-х гг. филиалом возобновлены работы по изучению влияния любительского рыболовства на запасы водных биологических ресурсов в рыбохозяйственных водоемах подведомственных регионов. Наиболее масштабная работа организована на водных объектах Нижегородской области. В рамках Плана мероприятий, направленных на совершенствование охраны водных биоресурсов, организации и регулирования рыболовства, при поддержке и совместно с сотрудниками областного Министерства экологии и природных ресурсов, а также Нижегородского областного отдела ФГБУ «Верхневолжрыбвод» проводились учеты рыболовов-любителей, количественного и качественного состава их уловов. Сбор информации осуществлялся с применением малой авиации и плавсредств. Мониторинг ситуации позволяет оперировать достоверными данными по рыболовной нагрузке на водоемы, результаты работы учитываются при определении общего допустимого улова. Анализ состояния любительского рыболовства заложен в основу областной целевой программы развития рыбохозяйственного комплекса, затрагивающей, в том числе, вопросы искусственного воспроизводства важных в промысловом отношении видов рыб (стерляди, щуки, судака, сазана, сома). Данные научных исследований позволяют адекватно осуществлять корректировку рыболовной нагрузки путем перераспределения квот на вылов и внесения соответствующих изменений в нормативно-правовые акты, регламентирующие правила добычи рыбы.
Проведена оценка негативного воздействия на водные биологические ресурсы при наполнении Чебоксарского водохранилища до отметки нормального подпорного уровня 68,0 метров. Подготовлено Рыбоводно-биологическое обоснование для комплексного проекта реконструкции Нижегородской ГЭС.
Разработана и апробирована на Чебоксарском водохранилище мобильная компактная рыбоводная установка для инкубации икры и выращивания личинок щуки в целях зарыбления природных водоемов.
Нижегородское отделение ФГБНУ «ГосНИОРХ» на протяжении ряда лет принимало участие в Международном проекте «Экологизация российского рыбохозяйственного образования для устойчивого развития» (Tuning environmental competences in Russian fishery education for sustainable development TUNA). Партнер: Остфальский университет Брауншвейг / Вольфенбюттель (Ostfalia Hochschule Braunschweig/Wolfenbüttel), являясь базой производственной практики для студентов и магистрантов Нижегородской государственной сельскохозяйственной академии (НГСХА) по специальности «Водные биоресурсы и аквакультура».
Регулярно выполняются работы по оценке эффективности рыбозащитных устройств на водозаборах разного типа. Кроме того, проводятся исследования влияния гидромеханизированных работ на гидробионты в целях адекватной оценки размера вреда, причиненного водным биологическим ресурсам при осуществлении хозяйственной деятельности.
Ежегодно производятся комплексные исследования малых рек подведомственных регионов. Проведено обследование крупных притоков реки Волга – рек Сура, Ока, Ветлуга, Унжа, а также малых рек на территории Нижегородской области, Республик Марий Эл и Чувашской: рр. Пьяна, Керженец, Линда, Сундовик, Уста, Алатырь, Большая Кокшага, Малая Кокшага, Илеть, Цивиль и др., а также их притоков.
Ежегодно производится сбор информации по биологии и распространению рыб, занесенных в Красную книгу РФ и Красную книгу Нижегородской области. Переработан и дополнен раздел «Рыбы и миноги» Красной книги Нижегородской области, Том. 1 «Животные» (2015).